Ngày 29 tháng 12 năm 2010, Báo Quân đội Nhân dân đưa tin Viện Kiểm sát Nhân dân Tối cao đã ra kháng nghị Giám đốc thẩm yêu cầu đình chỉ vụ án đối với ông Trần Văn Thanh và tuyên bố ông vô tội với lý do không đủ căn cứ kết luận ông Thanh phạm tội.[12]

Trước đó, trong phiên xử phúc thầm, Viện Phúc thẩm II thuộc Viện Kiểm sát Nhân dân Tối cao cũng đã từng kháng nghị tuyên ông Trần Văn Thanh không phạm tội và đình chỉ vụ án với bị cáo, tuy nhiên Tòa Phúc thẩm Đà Nẵng đã không chấp nhận.

Phải tới phiên tòa phúc thẩm xét xử lại ngày 22 tháng 6 năm 2012, TAND Tối cao tại Đà Nẵng mới chấp nhận kháng nghị của Viện KSND tối cao, tuyên miễn tội, đình chỉ vụ án đối với ông Trần Văn Thanh. Tòa kết luận: ông Trần Văn Thanh bị truy cứu trách nhiệm hình sự với tội "Lợi dụng quyền tự do dân chủ, xâm phạm lợi ích Nhà nước, quyền và lợi ích của công dân" (theo điểm 2, khoản 2 điều 258 BLHS) là đúng. Tuy nhiên, đây là loại tội phạm ít nghiêm trọng, đồng thời theo luật đã hết thời hạn truy cứu trách nhiệm hình sự.[13]